PHPStormはEclipseより軽いですが、それでも検索などが遅いな、と感じることや、プログラム内容によっては重くなったりする場合があります。
右下にメモリの使用量が常に出ていますが、
通常512メガ割り当てされているのを、図のように1ギガ割り当てたりするように変更が出来たりします。
Eclipseと要領は似てまして、PHPStorm 4.0.2の場合
C:Program Files (x86)JetBrainsPhpStorm 4.0.2bin
のディレクトリの中に「PhpStorm.exe.vmoptions」というファイルがあるのでこれを変更します。
中身は
-Xms128m
-Xmx512m
-XX:MaxPermSize=250m
-XX:ReservedCodeCacheSize=64m
-ea
のようになってますので、2行めの512を1024などに変えれば使えるメモリの最大値が変わるので、パフォーマンスが結構改善します。
http://devnet.jetbrains.net/thread/303509
このへんでout of memoryが出るというフォーラムの投稿がありますので、
参考までに。